関東以南から沖縄にかけて分布しているが、主に太平洋側に棲息し、日本海側での棲息数は少ない。
近似種のミナミゴンズイは九州～沖縄諸島、インド洋、西太平洋に広く分布する。ゴンズイとは以前は同種とされていたが、2008年に別種に分類された。それによって、それまでのゴンズイの学名はミナミゴンズイの学名となり、ゴンズイにはPlotosus japonicusという新しい学名が付けられた。
沖縄諸島では両種が棲息しており、本種はサンゴ礁の礁縁部など、ミナミゴンズイは汽水域で見られる傾向がある。

夜行性で、成魚は昼間は浅場の岩礁域から砂泥底の物陰にいて、夜になると活発に活動して底棲生物や甲殻類、魚卵、イカ類などを捕食する。
集団で行動する習性があり、とくに幼魚は巨大な団子状に群れる。このように群れた状態を「ゴンズイ玉」と呼ぶ。これは、集団行動を引き起こすフェロモンによる働きだということが知られている。
産卵期は5～7月頃。成熟した雄と雌のペアが、海底に直径10㎝ほどの産卵床を作って産卵する。一度の産卵数は200～600粒ほどで、直径約３㎜ほどの黄色い球型の沈性卵となっている。雄が卵を保護し、孵化後も雄が仔魚を守る。
胸ビレの棘の基底部と肩帯の骨を擦り合わせて特有な音を出す習性があるが、これはゴンズイ科や仲間のハマギギ科、ギギ科などの魚種に共通するものである。

専門に釣る人は少ないが、ゴンズイの極上のおいしさを求めて狙って釣っている熱心なファンは各地に存在している。
ゴンズイは夜行性なので、夜釣りで狙うのがメイン。ただし、潮に濁りが入っているときや曇天時には日中でも釣れる。
シーズン的には、ゴンズイが産卵のために水深の浅い堤防ぎわまで接岸してくる初夏が釣りやすい。ただし、足元から水深のある釣り場なら、冬でも釣ることが可能だ。
なお、潮が澱んだ釣り場よりも、水通しのいいポイントで釣ったゴンズイのほうが味はおいしい。

【投げ釣り】

夜のゴンズイは広い範囲を回遊しながらエサを探しているため、投げ釣りで狙うと効率がいい。とはいえ、それほど遠投する必要はないので、チョイ投げタックル（竿、リール、糸を含む道具一式）でも十分に楽しめる。カケアガリや根（海底にある岩場）が点在するポイントが狙い目だ。
イラストは一般的な投げ釣りの仕掛け。根まわりを攻める場合、オモリは浮き上がりのいいジェットテンビンを使い、一本バリ仕様にするとよい。また、テンビンに発光体をセットしておくと、夜釣りでも扱いやすくなる。ハリは流線などの軸の長いタイプが、ゴンズイの口から外しやすい。
チョイ投げの場合は、竿を短めの万能竿やルアーロッドとして、それに応じた負荷のオモリを使用する。いずれも、エサはイソメ類を使用。

【ミャク釣り】

足元から水深のある磯場や岸壁では、竿下をミャク釣りで探るのもよい。
竿は長さ5ｍ程度の磯竿が使いやすいが、足場のいい岸壁なら短めの万能竿やルアーロッドなども使える。
仕掛けは、胴付きの1～2本バリ仕様が基本。オモリは釣り場の水深や潮流の速さに応じて重さを調整する。ハリのカエシ（針の先のトゲ状の部分）はプライヤーなどで潰しておくと、手返しが早くなる。
エサはオキアミを使用。一尾を通し刺しにしてから、さらにハリ先に1～2尾チョン掛けにすると、海底でバラパラと散って、寄せエサ効果が期待できる。
ゴンズイの着き場はだいたい決まっているので、アタリ（魚が食付いた信号）が出なければ、少しずつ釣り座を移動してまとまった群れを探してみたい。

ゴンズイを料理する前提で持ち帰る場合は、釣り上げたらすぐにプライヤーなどで毒棘を切り落としてから冷えたクーラーボックスに収納する。臭みのもととなる内臓まで落として持ち帰れば完璧だ。また、ゴンズイは活かしたまま持ち帰って料理するほうが、味を損なわないという人もいる。
下ごしらえでは内臓を取り除き、体表のぬめりは塩で揉んでから洗うとよい。
淡泊でクセのない白身は、天ぷら、蒲焼き、干物などでおいしく食べられるが、ゴンズイ料理でもっとも知られているのは味噌汁（写真）。身もおいしいが、プルプルとした皮もウマミがたっぷりだ。
なお、旬は産卵前の春～夏とされるが、寒の時期の脂がたっぷりとのったゴンズイが非常に美味。

ゴンズイの毒棘の処理について

ゴンズイの毒棘は、魚バサミでしっかりと魚体をつかんだ状態でハサミかプライヤーでカットする。切り取った棘は手で触れないように海に捨てるか、家で作業する場合は新聞紙などに包んで捨てる。