本種は、沿岸域の藻場に隣接する砂泥底に棲息するが、冬になると水深100mほどの深場へと移動する。
肉食性で、主に甲殻類や貝類、頭足類、多毛類、小魚などを捕食する。そのほか、魚の死骸なども食べるので、「海の掃除屋」とも称される。
昼の間は砂の中に体を潜らせて休んでおり、夜になると活発にエサを獲る夜行性。狭いところに入り込もうとする習性を利用して、塩ビパイプ（あなご筒）を海底に沈めて捕る漁も行われている。
産卵期は５～12月。遠く南方の海域から葉形仔魚（レプトケファルス幼生＝下写真）が北上し、日本各地の沿岸で変態して底生生活に移行すると考えられている。同目のウナギは、産卵場所の調査がある程度進んでいるが、アナゴの産卵場所はくわしく解明されていない。 卵（熟卵）を持った雌のアナゴや、発達した精巣を持つ雄のアナゴが、天然海域で発見されていないためだ。また、卵や孵化後間もない葉形仔魚も見つけられていない。

ゴテンアナゴやハナアナゴ、クロアナゴなども釣りの対象魚ではあるが、一般的に専門で狙われるのはマアナゴだ。
釣りのシーズンは初夏〜秋にかけて。夜行性の魚なので、岸からの投げ釣り、沖釣りともに夕方から夜にかけて狙うことが多い。とくに東京湾では、夜のアナゴ釣りは夏の風物詩として根強い人気がある。
アナゴの体表はヌメリに覆われていて非常に滑るので、釣りの際には魚体をつかむためにタオルなどを用意しておこう。

【投げ釣り】

漁港や防波堤からは投げ釣りで狙えるが、底質が砂泥であることが重要。地域によって釣れる時期が違うので、情報を集めてから出かけよう。
竿は投げ竿がベストだが、狙うポイント（魚の居る場所）が近ければ廉価なボートロッドなどでも楽しめる。夜釣りなので、トラブルの少ない仕掛け（針、糸、金具などを組み合わせて作る部分）にするのが大切だ。イト絡みを防ぐために太めのハリスを使い、蛍光パイプでカバーしておこう。さらに、ハリス（針を結ぶ釣り糸）にケミホタルなどの発光体をつけてアピールするのも方法。
置き竿にするより、適度に誘いを入れたほうがアタリが多くなる。エサはアオイソメを房掛けにするのが基本だ。

【船釣り】

東京湾では夕刻から出船して夜間に釣る、通称「半夜釣り」が盛ん。ビギナーでも数釣りができるのが魅力だ。
海底をトントンと小突く釣りなので、手バネ竿（ミチイトを手で手繰るタイプの竿）やシャクリ竿＋両軸リールが一般的なタックルだが、シロギス竿などでテンビン仕掛けを軽く投げて、サビいてくる（手前まで引きずってくる）釣り方もある。小突く場合は、オモリが着底したら竿先を上下させてアナゴを誘い、７、８回小突いたら竿をゆっくり上げて、アナゴが乗っていないかどうか確認する。この繰り返しが釣り方の基本だ。

卵とじ丼

骨センベイ

マアナゴは瀬戸内海産が美味といわれるが、江戸前の天ぷら、寿司だねとして昔から人気がある。江戸前では、東京湾の羽田沖で捕れたものが最上とされ、大型よりも小型のほうが味がよいといわれる。大人の人差し指ぐらいの太さ、長さにして25～30㎝のものが最高だ。
さばく際には、ウナギと同じように目打ちでまな板に頭を固定して、よく切れる小型の包丁でさばくとよい。東京湾の乗合船では、釣ったマアナゴをさばいてくれるところがほとんどで、取り除いた中骨も別にしてくれる。自分でさばけなくてもマアナゴを味わえるのがうれしい。
料理方法としては、ウナギと同じように、寿司や蒲焼き、白焼き、天ぷらなどにされることが多い。ただし、ウナギより微弱ではあるものの、血液と粘膜にタンパク毒であるイクシオトキシンを含むので、素人料理での生食は避けたほうが無難だ（イクシオトキシンは加熱すれば分解する）。
卵とじ丼は、アナゴを開いてから素焼きにし、だし汁、醤油、ミリン、日本酒で5分ほど煮たら、溶き卵でとじる。身を軟らかにしたいときは、素焼きをする前に蒸すとよい。
骨センベイは、アナゴをさばいて残った中骨を適当な長さに切って、塩・コショウを振って揚げた一品。低温でカリッと揚げるのが、食べやすくするコツだ。
なお、ゴテンアナゴやハナアナゴなどの近縁種も食べられるが、食味に関してはマアナゴが上といわれている。